Vanajaveden pohjasedimentit ovat odotettua puhtaampia. Huolimatta rannoilla vuosikymmeniä jatkuneesta teollisesta toiminnasta vain joissain paikoin sedimentti todettiin pilaantuneeksi. Näissä paikoissa sedimentin haitta-ainepitoisuudet hankaloittavat vesistön kunnostustyötä. Tämä käy ilmi Vanajavesikeskuksen ja Hämeen ELY-keskuksen teettämän tutkimuksen tuloksista.
Tutkimuksen tuloksista pyydettiin lausunto Terveyden ja hyvinvoinnin laitokselta, joka totesi, ettei Vanajaveden sedimentin haitta-aineista ole haittaa ihmisen terveydelle.
Vanajaveden sedimenttitutkimuksessa tutkittiin sedimentin laatua 23 km pitkällä vesistöalueella Janakkalan Kernaalanjärveltä Hattulan Mervenselälle. Näytteitä otettiin 43 pisteestä. Näytteistä mitattiin raskasmetalli-, öljy-, PCB-, tinayhdiste- ja dioksiinipitoisuuksia. Havaittuja pitoisuuksia verrattiin ympäristöministeriön ruoppaus- ja läjitysohjeen läjityskriteereihin kullekin aineelle. Tutkimuksen toteutti Kokemäenjoen vesistön vesiensuojeluyhdistys ry vuosina 2013 ja 2014 Hämeen ELY-keskuksen ja Vanajavesikeskuksen tilauksesta.
Valtaosassa näytteistä havaittiin alhaisia ja haitattomia haitta-ainepitoisuuksia. Esimerkiksi raskasmetallipitoisuudet olivat lähes kaikkialla haitattomia.
Seitsemässä näytepisteessä todettiin sedimentti pilaantuneeksi eli näytteiden pitoisuudet olivat läjityskriteereiden tasolla 2. Pisteet ovat Janakkalan Kernaalanjärvi (haitta-aineena PCB), Vettenjakamo eli Kernaalanjärven ja Puujoen yhtymäkohta (PCB), Ahilammi Janakkalan Hiidenjoessa (PCB), 10-tien sillan kohta (PCB), Sotkan sahan edusta (PCB, PAH ja öljyhiilivedyt), Vaakunanlahti Hämeenlinnan keskustassa (elohopea ja öljyhiilivedyt) sekä Vanhankaupunginlahden radan puoleinen ranta-alue (öljyhiilivedyt).
Haitta-aineet ovat peräisin Vanajaveden vesistöalueen rannoilla vuosikymmenien aikana harjoitetusta toiminnasta. Esimerkiksi kaatopaikoilta, teollisuuslaitoksista ja sahoilta on saattanut päästä haitta-aineita veteen ja sittemmin laskeutua pohjasedimenttiin. Syvännepisteiden näytteiden ajoittamisen avulla saatiin selville, että haitta-ainekuormitus on ollut suurinta 1950-1980-lukujen aikana. Sen jälkeen kuormitus on selvästi vähentynyt ja sedimentin haitta-ainepitoisuudet vähentyneet.